Un troisième aspect est lié aux problèmes méthodologiques et interprétatifs dans l'analyse des profils génétiques.
En ce qui concerne les chaussures, il est affirmé que nous avons affaire à un profil mitigé et pas à un seul. Dans l'échantillon de la chaussure dans laquelle se trouvait le profil du défendeur (B-22), trois allèles ont été observés dans deux marqueurs de profil (D16S539, D3S1358), ce qui montre un mélange de profils. Le Dr Plutzky a expliqué que trois allèles du site ne peuvent pas être trouvés dans un seul profil, il s'agit donc très probablement d'un mélange de deux personnes. La défense a également contesté la détermination du Dr Bublil concernant la hauteur du « bégaiement » (« bégaiement ») dans certains allèles, et a affirmé que sa détermination était incompatible avec les données du fabricant et les données du laboratoire médico-légal. Il a été soutenu que le profil produit à partir de l'échantillon 22-B correspondait à celui du défendeur dans 12 des 23 marqueurs (52 %), et non dans la correspondance complète. Les tableaux de profil indiquent un profil partiel.
Il a été affirmé que le profil du prévenu n'avait même pas été vérifié. Le profil n'a pas été vérifié par le producteur du profil dans le laboratoire médico-légal du siège national, et le Dr Bublil s'est fié uniquement aux informations de la base de données, sans les vérifier. Elle a également noté qu'elle ne pouvait pas savoir si une erreur avait été commise lors de la production du profil dans la base de données.
Il a été affirmé qu'il y avait des questions concernant l'apparition d'autres profils (comme ceux de Ziv (Ze'ev) Grobner et Moshe Amos) dans le dossier de travail du laboratoire à un stade précoce, même avant qu'ils ne deviennent suspects, et en lien avec le fait que Shai Peleg était au courant d'une découverte liée à l'accusé mais ne l'aurait pas partagée avec le Dr Bublil, ce qui pourrait indiquer un parti pris.
Quant aux manteaux, il est affirmé que les profils sont complexes et ne peuvent pas être comparés. Le Dr Plutzky a également expliqué que, dans de nombreux cas, des profils mixtes et complexes ont été trouvés sur les pelages qui ne sont pas comparables. L'absence de capacité à analyser les profils ne signifie pas qu'il n'y a pas de profil, mais qu'il ne pourrait pas être lié à aucune des personnes connues impliquées.