Il a également été décidé que, en règle générale, l'enquête serait menée par le tribunal de première instance. À cet égard, les propos de l'honorable juge A . Grunis dans l'affaire Nir Am (paragraphe 5 de son jugement) sont appropriés :
« En effet, comme d'habitude et en l'absence de raisons particulières, nous sommes d'avis que la manière dont le roi présente des arguments contre les défauts survenus lors du dépôt d'une inculpation (y compris à l'étape de l'enquête) relève du cadre même de la procédure pénale. Cette décision repose sur plusieurs raisons : premièrement, de cette manière, la nécessité de diviser l'audience et de mener deux procédures distinctes sur des questions connexes sera évitée. Une telle division est non seulement indésirable pour des raisons d'efficacité et pour des raisons d'économie de ressources judiciaires, mais elle peut même entraîner une procrastination inutile et une prolongation déraisonnable de la procédure pénale.... Deuxièmement, la question qui se pose quant à la légalité ou à la raisonnabilité de la décision de déposer une inculpation implique souvent divers litiges factuels. Le tribunal de première instance dispose des outils appropriés pour clarifier les questions factuelles, et à cet égard, il est préférable à la Haute Cour de Justice. Troisièmement, il convient de se rappeler que le tribunal de première instance dispose de divers moyens pour traiter les défauts survenus lors du dépôt de l'acte d'accusation. Le tribunal peut utiliser des recours modérés et proportionnés qui ne constituent pas l'annulation de l'acte d'accusation. »
En 2007, l'article 149 du Code de procédure pénale a été modifié et un argument préliminaire a été ajouté (article 149(10)), selon lequel « le dépôt de l'acte d'accusation ou la conduite de la procédure pénale est en contradiction matérielle avec les principes de justice et d'équité juridique. » Dans le projet de loi – le projet de loi sur la procédure pénale (amendement n° 51) (Protection contre la justice), 5767-2007 (H.H. 143, p. 138, ci-après : le projet de loi sur la protection contre la justice), il a été explicitement précisé qu'il s'agit d'un projet de loi que «en vint ancrer dans la législation la revendication de protection contre la justice, adoptée dans le système juridique israélien, par la jurisprudence » (ibid., p. 138). Le projet de loi précise ce qu'est la protection contre la justice (ibid.) :